În contextul programului, Ministerul Dezvoltării Regionale şi Administrației Publice este Autoritate de Management (AM), iar BRCT Timişoara îndeplineşte funcţiile de Secretariat Tehnic Comun (STC) şi Unitate de Control de Prim Nivel (UCPN) pentru beneficiarii români.

Biroul Sârb de Integrare Europeană (Serbian European Integration Office – SEIO) - este Autoritate Naţională (AN) a Programului, iar la Vârşeţ în Banatul de Sud se află Antena Secretariatului Tehnic Comun, al cărei rol principal este acordarea de sprijin pentru potenţialii beneficiari / parteneri la proiect în calitate de punct local de contact şi diseminarea informaţiilor la nivel regional, sprijinind dezvoltarea proiectelor în Serbia.

Secretariatul Tehnic Comun răspunde de implementarea curentă a programului în concordanţă cu prevederile acordului de implementare încheiat între Autoritatea de Management şi Biroul Regional pentru Cooperare Transfrontalieră Timişoara şi potrivit legislaţiei naţionale şi comunitare. Totodată, pentru a asigura abordarea comună a gestionării Programului IPA de Cooperare Transfrontalieră România – Republica Serbia, Secretariatul Tehnic Comun din cadrul BRCT Timişoara coordonează activitatea Antenei Secretariatului Tehnic Comun de la Vârşeţ.

Unitatea de Control de Prim Nivel realizează controlul de prim nivel, din punct de vedere tehnic, economic şi financiar al proiectelor contractate cu beneficiarii români în cadrul Programului. Departamentul UCPN analizează şi verifică realitatea, regularitatea şi legalitatea tuturor cheltuielilor efectuate şi îndeplineşte atribuţiile delegate de către Autoritatea de Management a Programului IPA de Cooperare Transfrontalieră România – Republica Serbia.